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用Gaussian如何找出一个碳-碘键的形成的过渡态

作者 不羡长留
来源: 小木虫 150 3 举报帖子
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大家好,有个疑惑想请各位大神解疑:本人用Gaussian计算一个碳-碘键的形成的过渡态,初猜结构不断改进优化,优化改进,尝试了近百个结构任然找不出来,无论是固定键长优化抑或是扫描都到不到过渡态,优化完得到的结构更多的是产物结构。跟导师讨论过,主要原因可能是基组的问题,因为I是按照赝势基组算的,内层电子钝化,可能导致成的键不够稳定,类似金属配位键;还有一方面是这个势能面比较平,过渡态能量比反应物高不了多少导致的,因为这类型反应不是形成真正的共价键,I带正电荷,导致这个键C-I键很弱。大家觉得这个过渡态有没有可能找出来?具体方法是什么?谢谢
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  • 精华评论
  • Adiland

    一般来说,只要存在稳定的反应物和稳定的产物,那么中间一定会有一个过渡态。找不到只不过是努力程度没达到而已。除非你的这个产物是属于物理吸附或者无能垒的弱相互作用的范畴。
    碳-碘键无论怎么想都不属于上述两种情况,因此,过渡态一定是存在的。一般来说,选择合适的算法和基组对于找到过渡态可能会有所帮助。取决于你的体系大小以及体系是什么等等。
    或者说,你想计算的是两个自由基或者正负离子成键的情况,那就别找了,因为自由基一般不稳定,而静电力成键一般无能垒。如果不是这两种的话,你可以试着固定一些原子对其他的部分进行优化或者扫描试试,一般来说,在二维及以上扫描中找不到能垒的话就很难找到过渡态了,

  • Adiland

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 不羡长留 at 2017-06-02 22:31:52
    谢谢你的解答。首先,我也很坚信“存在稳定的反应物和稳定的产物,那么中间一定会有一个过渡态”这句话,所以一直没有放弃,但是并非楼主“努力程度没达到而已”。
    对于基组和算法的问题,楼主在别的计算文献上也 ...

    建议把输入文件贴上来看一下,这么说也不知道你的体系到底是什么样子的。

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