求助大神将这两个分子放在一起比较结构，附件有模板，最好将处理过的原文件一起上传，非常感谢！
不晓得你说的是啥意思，把两个分子放在一起很简单啊，合并到一个PDB文件不就行了
https://pan.baidu.com/s/1eSKNfiU
https://pan.baidu.com/s/1eSKNfiU 这个地址里，已经把两个分子合并在同一个文件里了，你可以在VMD中移动旋转其中的一个分子，使两个分子达到你图中所显示的样子。 另外：你图中显示的只能是直观的看一看分子结构大致的差异，如果要定量的比较两个分子结构差异，估计你还是得比较分子三维结构中原子类型、健长、健角等信息吧？
叠加下就行了，要不帮你做下？
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不晓得你说的是啥意思，把两个分子放在一起很简单啊，合并到一个PDB文件不就行了
https://pan.baidu.com/s/1eSKNfiU
因为我不懂这个，就是把两个分子放在一起，从图片上看两个重叠和不同的地方，就像附件上的图片，谢谢!
您好，我指的是这种图片，谢谢！
捕获.PNG
，
https://pan.baidu.com/s/1eSKNfiU 这个地址里，已经把两个分子合并在同一个文件里了，你可以在VMD中移动旋转其中的一个分子，使两个分子达到你图中所显示的样子。
另外：你图中显示的只能是直观的看一看分子结构大致的差异，如果要定量的比较两个分子结构差异，估计你还是得比较分子三维结构中原子类型、健长、健角等信息吧？
嗯，我只是想看看两者宏观上面的相同和差异，由于不会VMD，所以想请你帮忙绘制出上面的图片，谢谢！
叠加下就行了，要不帮你做下？