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请教:怎么在立方中掏出一个比蛋白质体积大的形状空间

作者 toxicLi
来源: 小木虫 200 4 举报帖子
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我用的是opensuse linux系统,我想在如下图的立方水体中掏出一个比蛋白质体积大点的空间,目的是将蛋白质放进去,然后用namd运行。求指导!

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  • 精华评论
  • jiaoyixiong

    so easy!
    1、put the protein in the middle of the water box
    2、use the  comand of  "within" in the VMD, and select the water  within 10( or 20 as your wish ) of the  protein, then ,delete the selected waters
    3、save the final PDB.
    ok, you will get it,

  • hclwonder

    楼上的回答应该可行。但不知楼主为何要这么做,因为一般是围绕着蛋白给它加上水分子,而按楼主那样,得到的溶剂化应该不会好。

  • memeone

    packmol这个插件你用过吗

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