如果先在nvt下弛豫再在nve下弛豫，应该是会有温度的变化的。nvt的时候，密度定了(势能定了)，平衡以后体系的温度却是热浴的温度，这个温度是可以随便定的。nvt平衡以后的体系总能最后不变，拿到nve下弛豫时，因为这个时候没有热浴，总能不变而势能和动能的分配并不合理，所以能量会再重新分配，所以出现温度和原来差个几十度是有可能的。这是我自己的分析，不知道对否，希望能给你一些提示。

温度升高说明有势能转变成了动能。要看一下界面结构，是否发生了变化。