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8楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 14:30:39
比如我先建一个0 30 0 20 -5 -5的box，然后用delete_atoms删除一些原子后，要先equilibrate吧，如果是nve系综可以用temp/rescale控制温度进行驰豫？如果不是那怎么办？
...

删除部分原子，表示你已经建好模型了，然后就优化结构达到你想要的一个状态，run 就可以了。nve系综我没用过，所以不太清楚，这需要结合你的模拟体系，研究目的。温控算法有好几种，nose-hoover算法用的比较多，这也需要根据你的研究体系决定。另外nve系综应该不能控温吧？本身能量就是恒定了，，再标定粒子速度控温，，感觉有些奇怪

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11楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 16:02:46
我也不太清楚，如果要删除部分原子的话，应该用npt？
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删除原子是建立模型的方法之一，和后期你运行哪种系综是没有关系的，具体的系综使用需要结合你的研究体系以及研究条件

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9楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 14:33:21
有原子，我一个模型几万个原子中，删除几十个后，要先平衡再进行其他吧？
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你既然删除了部分原子，当然是要重新进行弛豫了，还有控温是通过其他命令的例如fix npt ，fix nvt等，nve系综并不能实现控温的目的

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14楼: Originally posted by huang998 at 2017-06-06 18:50:15
如果在nve系综下删除部分原子以后，怎么驰豫？你能简单的讲一下？
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如果你是在nve系综系run过一段时间后，再进行的删除原子操作，那么弛豫就是在nve下继续让它run一段时间

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15楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-07 10:34:31
如果你是在nve系综系run过一段时间后，再进行的删除原子操作，那么弛豫就是在nve下继续让它run一段时间...

如果是先删除原子，然后弛豫，可以像这样吗？控制温度的变化，run一段时间？？
# equilibrate

velocity        mobile create 300.0 5812775 temp new3d
fix                1 all nve
fix                2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0

fix                3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0
fix_modify        3 temp new3d

thermo                25
thermo_modify        temp new3d

timestep        0.001
run                100
，