通过blast细菌的16srDNA可不可以确定细菌的种属?
第一次做,请各位师哥师姐帮帮忙,现在遇到这样几个问题
序列比对的时候数据库是不是要选择16srRNA序列数据库?还是用Nucleotide collection数据库?
比对结果相似度基本上都能达到97%,E值为0,覆盖率在90%左右,总分也都比较高,但是前几种都不是一种菌,这种情况怎么办呀?
如果想要确定它的种属是不是还需要其他的方法?
新手一个,完全不知道怎么应对了,附上比对结果,两张图片都是第一页的,求详解。
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具体的菌要具体分析,Blast确定属可以,但是确定菌就不一定行了,举个例子:比如苏云金芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌,亲缘鉴定有的能达到100%,但是它们是不同的种,所以有些菌还是要看生理生化鉴定的,
那恭喜你,发现新菌
我是专门做这个的,可以给我发信息
问的是挺菜鸟的,建议加一些这样的群,里面有不少文献和资料共享,可以更快的学习到。
16S能鉴定到属,要鉴定到种起码99以上。