当前位置: 首页 > 分子模拟 >关于lammps计算配位数问题

关于lammps计算配位数问题

作者 折翼的飞鸟
来源: 小木虫 200 4 举报帖子
+关注

请问我的这个计算配位数的问题,输出总是报错,该怎么输出呢?
compute             coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3
dump                2  workpiece  custom  100  si1.lammpstrj  id  type  x  y  z  c_coord
ERROR: Dump custom compute does not calculate per-atom vector (../dump_custom.cpp:1363)
 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • cl1994861

    你这个error已经提示了,说compute不能计算per-atom vector啊,还有配位数不是径向分布函数的积分?这个是后来的数据处理的事么,能够直接输出出来么

  • 折翼的飞鸟

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by cl1994861 at 2017-06-15 10:53:58
    你这个error已经提示了,说compute不能计算per-atom vector啊,还有配位数不是径向分布函数的积分?这个是后来的数据处理的事么,能够直接输出出来么

    文献里有一个工件根据配位数着色的问题,这个应该是算出来的。我把后面的1*3删了,可以输出。顺便请教个问题,就是compute     coord  workpiece   coord/atom  cutoff  1.0  3  1*3,我这个命令后面的3  1*3,这是原子类型3给原子类型1*3贡献吗?还是怎样?有点懵

  • cl1994861

    这个我也不太清楚,我也没用过这个命令。。。

  • 牛很牛

    还有一个疑问就是截断距离是1埃吗?如果是的话,这么小的距离,怎么可能得到一个配位数

猜你喜欢
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流
  • 二维码
  • IOS
  • 安卓