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关于ovito软件对晶体晶型的判断

作者 11B329
来源: 小木虫 300 6 举报帖子
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本人用ovito软件来判断晶体的构型是fcc,bcc,还是hcp,但是遇到个问题就是ovito在判断的时候边缘的粒子判断不出来,一直都是白色的,这可咋办?还望哪位人才能助我一臂之力,万分感谢!

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  • 精华评论
  • kexing46

    可能是simulation box边界和原子边界不一致导致的;或者是没有保证box里都是unit cell,尤其边界处unit cell原子占位都填满的话,ovito里的周期性算法会认为边界处存在原子距离为零的点,无法得出对的构型。

  • kexing46

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-22 21:27:36
    请问,你是怎么处理这些边缘粒子的?这些边缘粒子的结构属性能有个方法来处理吗?
    ...

    我用编程来处理结构,做的时候就已经把边缘的粒子删除了。熟悉编程的话重新读入结构文件,根据你结构的尺寸,把坐标在边缘的粒子删除就行。

    另外想到一个或许可行的办法,ovito的slice功能,slice选中边界后delete selected particles,然后export到新文件。

  • kexing46

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by 11B329 at 2017-06-23 08:00:41
    你好,我也可以用编程来处理。我看到有很多种方法来判断结构,比如说ovito的CNA,还有用Q4Q6W4W6来判断的,你觉得哪种方法更精确点呢?
    ...

    不清楚Q4Q6W4W6方法。得看具体的模拟体系来决定什么更精确。CNA就是根据周围原子的构型来确定中心原子的结构类型,所以如果周期性边界处原子有距离很近的其它原子,就会破坏它的近邻结构。ovito里的CNA modifier有conventional, adaptive, bond-based三种,这些一般适用于温度不太高的情况,conventional对我做的金属力学模拟已经够用了,以及centrosymmetry modifier也不错。Development version里有voronoi topology analysis可以分析高温下的构型。不过如果边缘有无法识别的原子, 一般是结构文件不满足周期性导致的,提高CNA的精度不会有太大的帮助

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