不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的,只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的:
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is because some dumps store the shape of the box. You need to use undump to discard the dump, change the box, then redefine a new dump. http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
change_box是改变simulation box的属性,并不会改变原子的位置,triclinic可以用来模拟剪切。要输出坐标文件的话一般是dump和run一起用。
但我运行lammps时,提示dump命令只能在正交box中使用啊,在三斜box中不让运行。难道得使用fix print命令代替dump命令来保存文件?
不知道你具体的脚本以及错误信息是什么。Dump是可以用在triclinic box的,只是header信息会跟orthogonal box不一样。有一种错误的可能是这样的:
Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined
This is because some dumps store the shape of the box. You need to use undump to discard the dump, change the box, then redefine a new dump.
http://lammps.sandia.gov/doc/Section_errors.html
首先谢谢你的解答!
我的报错信息是这样的:
change_box all triclinic
ERROR: Cannot change box ortho/triclinic with dumps defined (../change_box.cpp:301)
其实我想模拟剪切情况,正如您前面的说法。没想到这个命令老是和dump冲突,汗。
下面怎么解决这个问题呢,难道是要抛弃原先的dump命令,再改回正交box,再重新定义一个dump命令?可是这样怎么实现模拟剪切形变呢
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根据报错信息提示,我试验调整了一下命令change_box和dump顺序,dump放在后面,结果竟然顺利通过!
多谢您的指点!
如果你在剪切前需要dump的话,在change_box之前需要把前面的dump给undump,然后加change_box行,然后定义一行新的dump用在剪切模拟过程中。
刚才解决了这个问题,根据您的指点!
多谢您的耐心指点!