lammps安装好之后试着跑过例子，并行串行都没问题。
现在实际开始跑体系了，用reaxff，遇到的问题就是 比如设置并行跑一定步数，中间会报错停止：

out文件里面的错：

---------------- Step  5020000 ----- CPU =   1251.1345 (sec) ----------------
TotEng   =   -380902.9196 KinEng   =     13016.8627 Temp     =       992.7001
PotEng   =   -393919.7822 E_bond   =         0.0000 E_angle  =         0.0000
E_dihed  =         0.0000 E_impro  =         0.0000 E_vdwl   =   -388558.1753
E_coul   =     -5361.6069 E_long   =         0.0000 Press    =       627.1629
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 30 with PID 81743 on node node04 exited on signal 11 (Segmentation fault).

然后另一个文件里写的是：
[node04:81743] *** Process received signal ***
[node04:81743] Signal: Segmentation fault (11)
[node04:81743] Signal code: Address not mapped (1)
[node04:81743] Failing at address: 0x166f458b8
[node04:81743] [ 0] /lib64/libpthread.so.0[0x39bf00f710]
[node04:81743] [ 1] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xd54c63]
[node04:81743] [ 2] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xc351ac]
[node04:81743] [ 3] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xdd5c57]
[node04:81743] [ 4] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0xd88643]
[node04:81743] [ 5] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x894269]
[node04:81743] [ 6] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x88de1d]
[node04:81743] [ 7] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x889b5b]
[node04:81743] [ 8] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x8a9384]
[node04:81743] [ 9] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x39bec1ed5d]
[node04:81743] [10] /home/lmp/lammps-17Nov16/src/lmp_mpi[0x40ad59]
[node04:81743] *** End of error message ***

这个问题困扰已久，也搜过资料，有的说法是结构不好之类的。但是我试过同样的输入文件，在我们这里设置np=1的时候跑就可以跑完，也在别的地方跑完了。（一般设置np=40，然后就会报错），所以怀疑是MPI的问题。
在lammps user里面看到有人回复说这不是lammps的错，是cluster的问题，不过我们的机子上跑其他软件并行没问题，gromacs，高斯都可以。
目前还在in文件的pair_style    reax/c lmp_control 加了  safezone 1.6 mincap 100 （手册说可以防止Segmentation fault，但续跑之后中间又停了）

当时编译时修改的部分：

# mpi = MPI with its default compiler

SHELL = /bin/sh

# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler

CC =            mpicxx
CCFLAGS =       -g -O3 -restrict
SHFLAGS =       -fPIC
DEPFLAGS =      -M

LINK =          mpicxx
LINKFLAGS =     -g -O
LIB =
SIZE =          size

ARCHIVE =       ar
ARFLAGS =       -rc
SHLIBFLAGS =    -shared

LMP_INC =       -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

# MPI library
# see discussion in Section 2.2 (step 5) of manual
# MPI wrapper compiler/linker can provide this info
# can point to dummy MPI library in src/STUBS as in Makefile.serial
# use -D MPICH and OMPI settings in INC to avoid C++ lib conflicts
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library

MPI_INC =      -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/opt/openmpi/include
MPI_PATH = -L/opt/openmpi/lib
MPI_LIB =        -Ipthread -Impi

# FFT library
# see discussion in Section 2.2 (step 6) of manual
# can be left blank to use provided KISS FFT library
# INC = -DFFT setting, e.g. -DFFT_FFTW, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library

FFT_INC =       -DFFT_FFTW -I/home/lmp/fftw2/include
FFT_PATH = -L/home/lmp/fftw2/lib
FFT_LIB =        /home/lmp/fftw2/lib/libfftw.a

不知道是哪里有问题吗？或者有谁经历过这个问题吗，如果能给我一些指导的话感激不尽~ 返回小木虫查看更多