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同分异构体能量比较稳定性

作者 huyingmm
来源: 小木虫 500 10 举报帖子
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求助各位懂gaussian计算的同胞,
计算遇到一个问题:本人不太懂计算,但实验时通过质谱确定了反应产物的分子量,但并不确定产物的结构,结果查找文献和分析,最终确定两个结构,分别为Cl原子连接在不同位置的N上,所以这两种可能的产物结构不同但分子量相同。为了分析哪一种结构更稳定,所以就使用Gaussian软件分别画出了这两种可能的构型,分别进行opt+fre构型优化和频率计算。通过多次计算,两种构型得计算结构都达到收敛,且无虚频,构型1比构型2的 HF小0.0064 hartree。问题就出在这,从相关文献可以推断出,构型1应该没有构型2稳定,但计算的结果却无法证明文献的这个推论。
所以接下来我该如何解决这个问题?
1,继续优化两个构型比较能量直到构型1能量大于构型2能量?
2,还是说并不用太在意这个能量差?
3,还是该如何进行下一步?

感谢各位!多多提供思路! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • ra2ghgzh

    你可能需要使用更复杂的基组,然后比较零点能、焓以及自由能。
    另外,如果是比较溶液中的能量还要考虑溶剂效应。

  • huyingmm

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-07-11 09:22:11
    你可能需要使用更复杂的基组,然后比较零点能、焓以及自由能。
    另外,如果是比较溶液中的能量还要考虑溶剂效应。

    感谢感谢,因为我计算的是非常小的分子,一百多的分子量,基组是B3LYP/6-311++g(d,p),优化计算时也从小基组算起的,结果都差不多,最后用了这个。估计这个基组够用了。
    想问下,比较零点能、焓和自由能的目的是什么?通过比较能得出什么结果?
    另外如何考虑溶剂效应?

  • huyingmm

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by wangf44 at 2017-07-10 17:27:14
    文献推测2比1稳定的理由是什么?另外,0.006Hartree非常小了,光看总能量可能意义不大吧。动力学稳定性呢?就是说可能发生的反应上看呢?

    感谢感谢,文献推测是因为这一类物质有几篇文章,确定的产物是产物2的相似结构,并没有提出产物1类,产物1是我们自己讨论时提出来的可能性产物。
    如果说0.006已经很小了,那就是能量相当,那就是也可不将计算结果作为产物支持的证据。关于动力学的稳定性上,接下来正准备计算下反应路径,定量的看看反应路径

  • ra2ghgzh

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by huyingmm at 2017-07-12 20:53:56
    感谢感谢,因为我计算的是非常小的分子,一百多的分子量,基组是B3LYP/6-311++g(d,p),优化计算时也从小基组算起的,结果都差不多,最后用了这个。估计这个基组够用了。
    想问下,比较零点能、焓和自由能的目的是什 ...

    我感觉基组已经足够大了。
    因为分子还有振动转动等能级,所以实际的能量应该在单点能的基础上再加上零点能等的修正,修正后谁的能量低谁才更稳定。
    溶剂效应需要加关键词scrf=(solvent=water),假如溶剂是水。

  • huyingmm

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-07-13 09:16:03
    我感觉基组已经足够大了。
    因为分子还有振动转动等能级,所以实际的能量应该在单点能的基础上再加上零点能等的修正,修正后谁的能量低谁才更稳定。
    溶剂效应需要加关键词scrf=(solvent=water),假如溶剂是水。...

    感谢,那我再加上溶剂这个关键词重新进行结构优化和频率计算一下。
    关于您说的实际能量获得,具体该如何操作?方便教一下吗?或者说有什么例子参考也行。

  • ra2ghgzh

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by huyingmm at 2017-07-13 11:41:38
    感谢,那我再加上溶剂这个关键词重新进行结构优化和频率计算一下。
    关于您说的实际能量获得,具体该如何操作?方便教一下吗?或者说有什么例子参考也行。...

    只要你算过频率就可以在log文件中搜索zero energy,然后就会找到那些能量了,默认是300K情况下的焓和自由能。

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