关于双分子反应过渡态优化的问题
懂Gaussian计算反应路径的同学，请教几个问题：
对于双分子反应 A + B = C这样一类反应，我想搜索过渡态，我自己也在文献基础上假设了一个过渡态，因为刚接触Gaussian，计算时遇到如下几个问题：
1. 如果使用QST2搜索过渡态，只需要高斯中输入“反应物和产物的结构”。在这之前，我已分别优化了 反应物A，反应物B和产物C的结构，并得到了经零点能修正过的单点能。那在计算QST2搜索过渡态时，如何输入反应物的结构和产物的结构？不知道具体如何操作。其实如果反应物和产物都分别只有一个物种的话，我会进行QST2的计算，但是当反应物或产物变为两个物种时就蒙圈了。在A + B = C这类反应中是否只要简单的将分别优化好的反应物A和反应物B机械的放在同一个gaussview画布上保存即可作为反应物的结构文件（暂且命名为 reactant.gjf），然后和产物C这个文件一块导入高斯进行QST2计算？还是说应该将reactant.gjf进行opt+fre优化后再与产物C的构型文件一同使用进行过渡态搜索？
2. 另外一个问题，如果使用TS方法进行过渡态优化，我已经假设了一个过渡态，那么这个过渡态在Gaussview中怎么画出来？进攻之后的化学键和形成产物时要断裂的化学键是画成实线还是虚线？
3. 最后一个问题，我优化过渡态是为了最后能画出一张包含有反应物、过渡态和产物相对能量图（类似于下图这样的图），对于反应物的这个能量我有些许疑问：像A + B = C这样个反应，反应物有两物种，那这个反应物的能量是怎么来的？是等于“优化好的A分子的能量”+”优化好的B分子的能量”，机械相加即可？
感谢各位高手的帮助！！
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京公网安备 11010802022153号
有些时候用QST+IRC就可以，有些时候必须用QST2或QST3
双分子反应比较简单的做法应该是做relaxed scan，找能量最高点，再做TS，最后IRC确认
relaxed scan比较适合只有一个主坐标发生变化的过渡态，因为你scan的每一个点都要进行优化。
如果是比较复杂的情形，可以做2维及更多个变量的relaxed scan，不过这个就费事了，这种情况可以直接作scan看一下势能面，或者用主坐标反应法，QST2之类的直接找。
反应物的能量是作用能interaction energy，反应物总能减去两个独立分子的能量。
1不能机械的放在一个图里直接当做反应物计算，需要你放在一个图里之后摆好位置，再进行优化，优化之后再当做反应物计算。
2过渡态你可以把键拉长，也可以直接断掉变成单个原子形态都可以，键只是一个虚拟的，其实有没有键在于原子与原子之间电子云的作用，两个原子距离很远 即使你人为连上一根键也没用。（个人理解）
3算能量也一样，在一个图里算，最后得到一个文件。优化后算频率和能量分别得到零点能和单点能
我也是刚入门，希望大神指正
您好，我想请问一下第三个问题，如果双分子的反应物可以优化成一个络合物，那么反应路径就是从这个络合物开始的，可是在计算反应速率的时候，需要的信息还有之前两个分子的能量，，我想请问一下，就求之前两个分子的能量，是把两个分子优化后得能量机械相加，还是把两个分子放的远一些直接进行单点能计算？？（两种方法有的能量相差不大，有的会相差0.1Hartree），请您帮我解答一下，谢谢~
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