我用的Dmol3模块想要计算差分电荷密度,但是我ms只能分析出图一和图二的效果,图三是计算得到的文件,我现在想要得到文献中图四的效果,请教大家,我应该怎样做?不胜感激 返回小木虫查看更多
要做成第一副图的效果需要定义组,但是dmol定义组之后也没有用,所以要用castep的electroN density difference.
DMol3能够直接给出的是形变电荷密度,而非差分电荷密度。DMol3差分电荷密度需要自己写脚本或者程序进行处理,需要把你的优化好结构的体系和给定的两个子片段按照完全相同的精度进行计算(注意k点和截断半径必须是值一样,而非medium或fine这样的相同),然后对三个密度格点文件(*.grd)的网格数据进行做差,之后将做差后的数据替换原有体系总密度的格点文件,然后再分析体系的总密度就可以得到差分电荷密度。 如果还有疑问你可以私下联系我。
旁听,领金币
一
要做成第一副图的效果需要定义组,但是dmol定义组之后也没有用,所以要用castep的electroN density difference.
DMol3能够直接给出的是形变电荷密度,而非差分电荷密度。DMol3差分电荷密度需要自己写脚本或者程序进行处理,需要把你的优化好结构的体系和给定的两个子片段按照完全相同的精度进行计算(注意k点和截断半径必须是值一样,而非medium或fine这样的相同),然后对三个密度格点文件(*.grd)的网格数据进行做差,之后将做差后的数据替换原有体系总密度的格点文件,然后再分析体系的总密度就可以得到差分电荷密度。
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一
对三个密度格点文件进行做差是指总的密度分别减去片段的密度吗
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