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高斯优化分子固定问题

作者 yeahhanpei
来源: 小木虫 350 7 举报帖子
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一篇文章中提到优化分子without geometry relaxation,那这是怎么操作的,是在各原子后边写上-1代表固定,然后再优化么?如果是这样,一运行就会报错 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 1234zou

    显然只能固定部分原子进行优化,你要是全部加上-1固定,那还优化个啥,全都冻住了,显然会报错。所以你要做的是看清楚文章里作者固定的是哪些原子,你也固定那些原子。
    要是还不行的话,上传log文件最后的报错信息。

  • 小范范1989

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-02 14:34:58
    谢谢您的回答,我又看了下文章,里面说,为了保持结构不变,在without geometry relaxtion 时,获得了其分子表面静电势。那有一个问题:不优化可以得到.wfn文件么,因为要画esp图。那route是不是把opt去掉就可以了, ...

    我的理解是:你说的固定优化,和他这里说的这个不一样。他这里说的是固定得到静电势。
    是不是这个情况:他的分子是从实验晶体里面取得,所以直接不优化,做了静电势计算

  • 1234zou

    楼上说的有道理,题主你得自己确定是否有优化结构。如果没优化,-1那一列就要去掉,opt关键词去掉,直接算单点也有wfn,也有静电势;如果要优化,那也不能所有的原子都加-1,要搞清楚冻结哪些原子,冻结的才加-1。

  • 小范范1989

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by yeahhanpei at 2017-08-03 00:14:22
    是呢,是这样子
    ...

    类似于和楼上说的。这样简单。不需要opt也不要-1。直接做一次单点就出来了

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