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上下游引物退火温度相差太大,退火温度梯度应该如何设置?

作者 qhiv6
来源: 小木虫 550 11 举报帖子
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原来设计的引物时候没太注意,今天拿出来要做了才发现,上下游引物Tm值相差8℃,一个50一个58,请问摸退火温度的梯度应该如何设置?

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  • 精华评论
  • sky蒲公英

    取平均值上下也行

  • 极北小白熊

    从55往下,2度一个剃度

  • snoopytbw

    经验是这个不影响,一般看产物的TM,引物只要GC值在许可范围即可。实在不行,做温度梯度PCR,看下结果

  • 艾喵喵

    你可以一度一个梯度试试

  • snoopytbw

    引用回帖:
    5楼: Originally posted by qhiv6 at 2017-08-15 16:13:54
    做了,不行,都没有条带,49-59每2度一个
    ...

    那就是引物降解了,是不是用纯水溶的啊,最好用TE,避免反复冻融。如果这个引物一开始是可以做的话,那么可以考虑降解

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