USCF DOCK生成和产生对接空间的问题
刚开始接触DOCK6,按照官网上的对接教程做了一遍。后来拿了一个G-四链体(PDB ID:4DA3)做,发现几个问题,在网上搜了很多,关于dock的帖子太少。在这里请教一下各位。
问题一:
在准备受体分子表面文件时,终端输入:dms rec_noH.pdb -n -w 1.4 -v -o rec.ms,出现 No atoms in input file! 的错误提示,rec_noH.pdb不是空文件,为什么出现这种情况呢?终端不行,后来就在chimera界面上生成的dms文件。
问题二:
在生成spheres的时候,我需要的活性口袋没有生成spheres ,如附件,图一。活性中心是图一中黄色框的G平面。我听说有种方法是按照晶体复合物中的配体,手动添加配体位置一样的球,但是怎么做呢?
问题三:
前一步由于活性位点的地方没有生成球,我这设置选择离配体10A的地方的球为对接空间,显然是不对的,请教一下怎么解决。
问题四:
前面这些不对,就继续往后做了,结果半柔性对接时出现: ERROR: Could not complete growth.
Confirm that the grid box is large enough to contain the ligand,
and try increasing max_orientations.
我看了一下,就算对接空间不对,盒子大小应该是可以的,max_orientations 500,1000,2000都试了,也还是这样。如图二。
请大家多多指教,非常感谢!好人一生平安!
图一
图1.png
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求指教呢
请多多指教
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请问楼主问题解决了吗?怎么解决的?