大学和研究所的氛围是有很大的不同的，看你更喜欢哪一个。
相对而言，大学生活更加丰富多彩一些，因为你周围的人会更多一些，同学更多，老师更多，你接触到的新鲜事物也就更多；
而科学院的研究所生活就平淡的多，主要的内容就是做实验、看文献、写paper，...
百人计划也算是一顶帽子了，在学界应该来说还是比较吃得开的吧？
大学里的那位老师已经61岁了，是不是该退休了？
关于导师方面应该好好问清楚，他们能给你的指导有多少，这才是最重要的！
而且一般来说，科学院的研究生招生名额上有限制，一般的导师一年只能招收1-2个硕士研究生以及1-2个博士研究生，
而大学里的招生名额就多出来很多，所以经常能看见一些教授的手下十几二十几个研究生，可想而知，如果这样的导师能给你多少时间的指导呢？
当然，具体问题具体分析了，关于导师招收人数的问题是需要你自己去问清楚的。

另外，楼主你自己以后想干什么？
是继续在科研道路上走下去，读博、出国？还是说硕士毕业之后就出来找工作？
在你的行业内找工作时更加认可南京大学这样的985的牌子呢？还是更加认可科学院这块招牌呢，不同的行业也不一样呀，这个也是需要你自己弄清楚的；
如果能坐的住，想要继续在科研的道路上走下去，不怕生活的枯燥，那就选择湖泊所吧，
个人见解~~希望对你有点帮助，