我在计算热力学,算热膨胀系数的时候遇到问题
我在用VASP计算热膨胀系数,输入./script-qha.sh -r 提交工作给GridEngine工作系统,可是计算特别慢,并且一直处于如图的状态,想知道是什么原因,因为是第一次计算这个,不知道这种情况正常不,求助各位大神~~
PS:我用的是学校的计算中心,一般计算是提交任务,不知道会不会有影响。
V8R)M}K(2YDACJ7T[{0`R8B.png 返回小木虫查看更多
今日热帖
我在用VASP计算热膨胀系数,输入./script-qha.sh -r 提交工作给GridEngine工作系统,可是计算特别慢,并且一直处于如图的状态,想知道是什么原因,因为是第一次计算这个,不知道这种情况正常不,求助各位大神~~
PS:我用的是学校的计算中心,一般计算是提交任务,不知道会不会有影响。
V8R)M}K(2YDACJ7T[{0`R8B.png 返回小木虫查看更多
脚本内容不贴出来,没有人会知道怎么回答你的问题。
这是script-qha.sh 文件
[chenq@su01 qha]$ cat script-qha.sh
#!/bin/bash
dim="1 1 1"
pa="0 1/2 1/2 1/2 0 1/2 1/2 1/2 0"
mp="3 3 3"
nunit=32
while getopts ':mrc' opt; do
case $opt in
m)
for i in `/bin/ls QHAPOSCAR*`;do
qhaname=`echo $i|sed s/POSCAR//`
mkdir $qhaname
mv $i $qhaname/POSCAR
cd $qhaname
pwd
phonopy -d --dim="$dim"
for j in `/bin/ls POSCAR-*`;do
dispname=`echo $j|sed s/POSCAR/disp/`
mkdir $dispname
mv $j $dispname/POSCAR
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} $dispname
done
mkdir perfect
cp ../{INCAR,KPOINTS,POTCAR} perfect
cp SPOSCAR perfect/POSCAR
cd ..
done
;;
r)
for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
pwd
vol=`echo $i|sed s/QHA-//`
# For displacements
for j in `/bin/ls -d disp-*`;do
cd $j
pwd
num=`echo $j|sed s/disp-//`
sed s/num/$num/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp
cd ..
done
# For perfect
cd perfect
sed s/num/per/ ../../calc.sh|sed s/vol/$vol/|mpirun -np 20 vasp
cd ..
cd ..
done
;;
c)
echo "# cell volume energy of cell other than phonon" > e-v.dat
for i in `/bin/ls -d QHA-*`;do
cd $i
phonopy -f disp-*/vasprun.xml
phonopy --mp="$mp" -t --dim="$dim" --pa="$pa" --tmax=2004 --tstep=2
volume=`grep volume perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
energy=`grep e_wo_entrp perfect/vasprun.xml|tail -n 1|awk -F'<|>' '{printf("%20.13f", $3)}'`
cd ..
echo `echo "$volume/$nunit"|bc -ls` `echo "$energy/$nunit"|bc -ls` >> e-v.dat
done
;;
esac
done
这是calc.sh文件
#$ -S /bin/zsh
#$ -cwd
#$ -N Sivol-num
#$ -pe mpi* 8
#$ -e err.log
#$ -o std.log
,
这是你们自己写的吧?如果是,谁会看得明白啊?
看起来没啥问题,可能是构建的超胞比较大引起的计算速度比较慢。热膨胀本来计算就很慢,需要计算动力学矩阵对体积的差分,而动力学矩阵的获取还需要超胞下计算力的差分或者线性响应来得到,体系很大的话计算量确实惊人。