背景：别人一个gromacs模拟描述如下。（图一，图二）
我现在有以下几个问题不明白，望老师指点一二。
1：他的整个模拟过程应该是em，eq和prod。eq和prod采用了不同的热浴和压浴。但是，她整个过程没有进行周期性退火吧？只是单个的退火。这样能找到最小点吗？
我理解的退火过程是，高温跨过势垒，然后退到0K的时候，才找到极小点，也就是周期性退火，多少个0K，就有多少个极小点，通过比较极小点，选出最小点。
但是他的这个过程，没有到0K。是不是对了是真实实验对比？或者是其他方面考虑？
2：如果按照他这个过程模拟，最后选取结构，应该是对最后的那10ns进行了簇分析吧（我的猜测），然后选取了构型研究？或者是一些其他经常用的方法是什么？
3：我看按照他说的，她整过过程下来30ns左右吧。一般模拟都这个时间范围左右？这个时间是不是偏长？
4：最后一点，他的那20ns，其中前10ns和后10ns压浴和热浴的方式变了，这个在模拟过程中，是分开模拟前10ns，结束之后再进行后10ns，这样修改mdp文件。
还是说一个mdp文件，能够前10ns采用第一种方式，后10ns采用第二种方式？还是什么办法？
5：MD模拟的开始，他说缺少参数，通过DFT计算得到了？这个是什么意思？我们对分子做出来的GAFF力场还缺少参数？具体应该如何做呢，有没有相应的帖子或者案例。谢谢

我想模拟的就是有机分子做成 的薄膜，不知道老师有什么好的建议，或者相对清晰的模拟过程。

谢谢老师的指点。


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