同源模建后，蛋白与配体的对接问题
各位专家，PDB数据库中一个蛋白结晶与我要分析的蛋白的氨基酸同源性达45%，但是这两个蛋白的底物不同，请问如何分析我的目的蛋白与自身底物的对接情况？
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先同源模建，然后把配体对接进去啊
同源模建已经完成，如何进行酶与底物分子的对接呢？所研究的酶分子与模建的酶分子虽然在氨基酸序列上存在同源性，但是作用的底物不停�
请问楼主用什么建模的，正在学习，谢谢
找个对接软件，也有在线服务，就可以做了。不过要做得好就需要经验了。
能具体点吗？比如底物与酶的对接区域如何选择？
这个需要具体判断，较大概率在酶活性中心，或者模板蛋白的底物结合位点。
你可以试试模板蛋白的结合位点，盒子调大一点，多输几poses ，估计位点也就差不多找准了