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实验室要配一个做MS的工作站,咨询一下配置问题

作者 vincentmomo
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本人准备组一个MS用的工作站,主要用来做关于ZSM-5催化剂的分子模拟。拟定的配置如下:
CPU:Intel Xeon E5-2650 V4(12核,24线程,2.2 GHz)
内存:DDR3-2133 16 GB * 4
硬盘:250 GB SSD + 2 TB SATA
芯片组:Intel C600 Series

有这些问题想咨询下大家
1:
关于CPU,E5-2650 V4(12核,24线程,2.2 GHz)
和E5-2640 V4(10核,20线程,2.4 GHz)
哪一个表现的更好一些?

2:
MS是否最多只支持8核运算?
这里指的是8核还是8线程?
那是否有必要配备大于8核的处理器?
看到有人通过并联两个处理器的方法来提高计算效率,对于MS来说是否有必要?

除此之外,也可以对这个配置其他方面提提意见。
多谢! 返回小木虫查看更多

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  • 精华评论
  • 谁家那小孩

    你们会做分子筛的计算吗?

  • 洋哥zcy

    您好,请问您这个配置预算大概多少?

  • 月只蓝

    两个处理器的官方比较数据见如下链接:
    https://www.intel.cn/content/www ... ductIds=92984,91767
    实验室要配一个做MS的工作站,咨询一下配置问题
    1.jpg


    对于问题1
    论CPU性能,自然是E5-2650 V4更好。

    对于问题2
    MS是否最多只支持8核运算?
    答:应该不是,印象中32核都可以。

    这里指的是8核还是8线程?
    答:应该是线程。我曾用过4核心8线程的CPU,MS中显示为8 cores。

    那是否有必要配备大于8核的处理器?
    答:有必要。比如同时进行2个任务,可每个任务分配10个核。

    看到有人通过并联两个处理器的方法来提高计算效率,对于MS来说是否有必要?
    答:并联两个处理器自然更快。至少说有没有必要,加CPU主要是加快计算速度,所以加不加CPU主要看你要计算的系统的大小,以及对计算时间的要求。
    老生常谈的一句话是,内存决定能构建模型的大小,CPU决定计算速度。
    你目前的配置 12核,24线程 + 64 G内存,对于一般建模和计算,应该都没问题了。

    最后,我问你一下,你配的是DELL的,

  • vincentmomo

    引用回帖:
    3楼: Originally posted by 洋哥zcy at 2017-10-20 09:00:58
    您好,请问您这个配置预算大概多少?

    您好,三万左右。

  • vincentmomo

    引用回帖:
    4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-10-20 11:56:44
    两个处理的官方比较数据见如下链接:
    https://www.intel.cn/content/www/cn/zh/products/compare-products.html?productIds=92984,91767

    1.jpg


    对于问题1
    论CPU性能,自然是E5-2650 V4更好。

    对于问题 ...

    不好意思,回的有点儿晚。十分感谢你的耐心回答。
    我的不是品牌机,是打算买配件组装一个。
    我还有几个问题,不知能否请教下。
    1:
    内存决定计算规模,那64G对于ZSM-5规模的计算(一个晶胞约300个原子)是否适用?
    2:
    之前用实验室一学姐的机器(i7-6700,四核,12G内存)试了一下,算的很慢。
    老板问我和E5-2650 V4这个CPU相比,二者能否量化比较?
    可我去benchmark等网站查,两个不属于同一个CPU类别,有点儿难比较。
    不知您是否有比较好的方法,可以给出一个大概的数。就是E5这个计算速度是i7的几倍。

    谢谢!

  • 月只蓝

    引用回帖:
    6楼: Originally posted by vincentmomo at 2017-10-24 12:50:14
    不好意思,回的有点儿晚。十分感谢你的耐心回答。
    我的不是品牌机,是打算买配件组装一个。
    我还有几个问题,不知能否请教下。
    1:
    内存决定计算规模,那64G对于ZSM-5规模的计算(一个晶胞约300个原子)是否适 ...

    问题1:
    计算规模不仅仅与原子数有关,还与选用的计算方法、模块模切相关。
    量子力学方法比分子力学方法消耗的内存大得多,在量子力学模块中,在相同的原子数下,真空层越厚,CASTEP模块比Dmol3模块更吃内存。
    64G内存,用CASTEP模块,300原子+适宜厚度的真空层,应该能算。

    问题2:
    E5-2650 V4 与 i7-6700(不管是i7-6700HQ还是i7-6700K),其实没什么可比性;前者不管是在核心数量上,还是缓存上,都碾压后者,而且有个重要的问题,分子模拟属于大规模计算,尤其看重计算的长久稳定性,前者正是为此而设计的,而后者仅适用于家用,不适合分子模拟计算。你用 i7-6700算觉得很慢,现在用E5-2650 V4线程全开来算,也不见得能快多少,但E5-2650 V4能长期稳定运行,直到计算结束, i7-6700 不一定,不确定性大。
    要量化比较,你可以搜一下两者的跑分。

  • vincentmomo

    引用回帖:
    7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2017-10-24 13:53:30
    问题1:
    计算规模不仅仅与原子数有关,还与选用的计算方法、模块模切相关。
    量子力学方法比分子力学方法消耗的内存大得多,在量子力学模块中,在相同的原子数下,真空层越厚,CASTEP模块比Dmol3模块更吃内存。
    ...

    明白了,十分感谢!

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