当前位置: 首页 > 第一原理 >VESTA把cif格式导出为vasp格式时出现的问题

VESTA把cif格式导出为vasp格式时出现的问题

作者 maoxinxina
来源: 小木虫 200 4 举报帖子
+关注

cif格式文件
data_CSD_CIF_TECDOU
_audit_creation_date 1997-02-10
_audit_creation_method CSD-ConQuest-V1
_database_code_CSD TECDOU
_chemical_formula_sum 'C8 H24 Ge1 I4 N2'
_chemical_formula_moiety
;
(C4 H12 N1 1+)2n,n(Ge1 I4 2-)
;
_journal_coden_Cambridge 1096
_journal_volume 8
_journal_year 1996
_journal_page_first 791
_journal_name_full 'Chem.Mater. '
loop_
_publ_author_name
"D.B.Mitzi"
_chemical_name_systematic
;
catena-(bis(n-Butylammonium) bis(\m~2~-iodo)-di-iodo-germanium)
;
_cell_volume   2021.067
_exptl_crystal_colour 'orange'
_exptl_crystal_density_diffrn 2.394
_diffrn_ambient_temperature ?
_diffrn_special_details
;
The study was carried out at room temperature,in the range 283-303K

;
#These two values have been output from a single CSD field.
_refine_ls_R_factor_gt 0.051
_refine_ls_wR_factor_gt 0.051
_symmetry_cell_setting orthorhombic
_symmetry_space_group_name_H-M 'P c m n'
_symmetry_Int_Tables_number 62
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
1 x,y,z
2 1/2-x,1/2-y,1/2+z
3 1/2+x,-y,1/2-z
4 -x,1/2+y,-z
5 -x,-y,-z
6 -1/2+x,-1/2+y,-1/2-z
7 -1/2-x,y,-1/2+z
8 x,-1/2-y,z
_cell_length_a 8.7220(5)
_cell_length_b 8.2716(4)
_cell_length_c 28.014(1)
_cell_angle_alpha 90
_cell_angle_beta 90
_cell_angle_gamma 90
_cell_formula_units_Z 4
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_radius_bond
C 0.68
Ge 1.17
I 1.84
N 0.68
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
Ge1 Ge 0.5095(2) 0.25000 0.2478(1)
I1 I 0.4458(2) 0.25000 0.1420(1)
I2 I 0.7332(1) 0.4969(1) 0.23800(4)
I3 I 0.5462(2) 0.25000 0.35638(6)
N1 N 0.448(3) 0.75000 0.164(1)
N2 N 0.043(4) 0.25000 0.165(1)
C1 C 0.562(8) 0.75000 0.123(3)
C2 C 0.514(8) 0.75000 0.082(3)
C3 C 0.64(1) 0.75000 0.045(3)
C4 C 0.596(8) 0.75000 0.007(3)
C5 C -0.075(6) 0.25000 0.126(2)
C6 C -0.018(6) 0.25000 0.082(2)
C7 C -0.143(9) 0.25000 0.047(3)
C8 C -0.096(8) 0.25000 0.006(3)
Ge1B* Ge 1.0095(2) 0.75000 0.2522(1)
I2G* I 0.7332(1) 0.0031(1) 0.23800(4)
I2B* I 0.2332(1) 0.5031(1) 0.26200(4)
Ge1B** Ge 0.0095(2) 0.75000 0.2522(1)
I2E* I 0.2332(1) -0.0031(1) 0.26200(4)
#END

转化后的vasp文件:C8 H24 Ge1 I4 N2
1.0
        8.7220001221         0.0000000000         0.0000000000
        0.0000000000         8.2715997696         0.0000000000
        0.0000000000         0.0000000000        28.0139999390
   Ge    I    N    C
   12   40    8   32
Cartesian
     4.443859295         2.067899942         6.941868976
     4.278140827         6.203699827        21.072130962
     0.082859234         6.203699827         7.065130993
     8.639140888         2.067899942        20.948868946
     0.082859234         6.203699827         7.065130993
     8.639140888         2.067899942        20.948868946
     4.443859295         2.067899942         6.941868976
     4.278140827         6.203699827        21.072130962
     0.082858998         6.203699827         7.065130993
     8.639140888         2.067899942        20.948868946
     4.443859295         2.067899942         6.941868976
     4.278141087         6.203699827        21.072130962
     3.888267710         2.067899942         3.977988122
     4.833732412         6.203699827        24.036011400
     8.249267771         6.203699827        10.029011430
     0.472732351         2.067899942        17.984988508
     6.394970608         4.110157861         6.667332139
     2.327029514         4.161442155        21.346666965
     2.033970547         4.161442155         7.339667830
     6.688029575         4.110157861        20.674332943
     2.327029514         8.245957500        21.346666965
     6.394970608         0.025642024         6.667332139
     6.688029575         0.025642024        20.674332943
     2.033970547         8.245957500         7.339667830
     4.763956270         2.067899942         9.983628901
     3.958043853         6.203699827        18.030371038
     0.402956209         6.203699827         4.023371069
     8.319043914         2.067899942        23.990628870
     6.394970608         0.025641960         6.667332139
     2.327029514         8.245957993        21.346666965
     2.033970547         8.245957993         7.339667830
     6.688029575         0.025641960        20.674332943
     2.327029514         4.161441662        21.346666965
     6.394970608         4.110157861         6.667332139
     6.688029575         4.110157861        20.674332943
     2.033970547         4.161441662         7.339667830
     2.033970417         4.161441662         7.339667830
     6.688029575         4.110158108        20.674332943
     6.394970608         4.110158108         6.667332139
     2.327029514         4.161441662        21.346666965
     6.688029575         0.025641777        20.674332943
     2.033970417         8.245957993         7.339667830
     2.327029514         8.245957993        21.346666965
     6.394970608         0.025641777         6.667332139
     2.033970417         8.245957993         7.339667830
     6.688029575         0.025641960        20.674332943
     6.394970608         0.025641960         6.667332139
     2.327029514         8.245957993        21.346666965
     6.688029575         4.110157861        20.674332943
     2.033970417         4.161441662         7.339667830
     2.327029514         4.161441662        21.346666965
     6.394970608         4.110157861         6.667332139
     3.907456175         6.203699827         4.594296117
     4.814543947         2.067899942        23.419702987
     8.268456236         2.067899942         9.412703853
     0.453543886         6.203699827        18.601296921
     0.375046018         2.067899942         4.622310174
     8.346954267         6.203699827        23.391689348
     4.736045917         6.203699827         9.384689378
     3.985953946         2.067899942        18.629310561
     4.901763865         6.203699827         3.445722088
     3.820236257         2.067899942        24.568277225
     0.540763804         2.067899942        10.561278091
     8.181236318         6.203699827        17.452722683
     4.483108050         6.203699827         2.297148058
     4.238892072         2.067899942        25.716851463
     0.122107989         2.067899942        11.709851494
     8.599892133         6.203699827        16.304148445
     5.582079953         6.203699827         1.260630047
     3.139920169         2.067899942        26.753369474
     1.221079892         2.067899942        12.746369505
     7.500920230         6.203699827        15.267630434
     5.198312210         6.203699827         0.196098006
     3.523687912         2.067899942        27.817901125
     0.837312149         2.067899942        13.810901990
     7.884687973         6.203699827        14.203098784
     8.067850217         2.067899942         3.529764049
     0.654150035         6.203699827        24.484236307
     3.706850156         6.203699827        10.477236338
     5.015149966         2.067899942        17.536763601
     8.565004062         2.067899942         2.297148058
     0.156995995         6.203699827        25.716851463
     4.204004001         6.203699827        11.709851494
     4.517996121         2.067899942        16.304148445
     7.474754046         2.067899942         1.316657952
     1.247246076         6.203699827        26.697342196
     3.113753985         6.203699827        12.690342226
     5.608246137         2.067899942        15.323657713
     7.884687973         2.067899942         0.168084001
     0.837312019         6.203699827        27.845916434
     3.523687912         6.203699827        13.838915629
     5.198312210         2.067899942        14.175083475

VESTA把cif格式导出为vasp格式时出现的问题
~)1A0K{A~BQC{F[291Y)1NT.png 返回小木虫查看更多

今日热帖
  • 精华评论
  • maoxinxina

    就是会多出现原子,在同一个地方

  • 孙莹洁

    同关心你的VESTA是不是最新版,我目前还没遇到过你这种情况。

  • maoxinxina

    好像是本来的cif文件就是里面有好几个原子在里面的,通过ms里面的make  P1导出就好了

猜你喜欢
下载小木虫APP
与700万科研达人随时交流
  • 二维码
  • IOS
  • 安卓