为什么选择他?16S rDNA
最近两年,在医学、农业、畜牧业、林业等行业中,微生物多样性研究变得火热起来。
不管是环境方面(水、土、空气、植物等)还是人体方面(肠道、皮肤、口腔等),样本中的微生物绝大多数是细菌。
小马刚到公司时,就被告知,
如果客户检测细菌,那就检测16S rDNA。
DNA、RNA是遗传物质,
这个rDNA、16S是什么?为什么选择他呢?
rDNA是编码rRNA的基因。
rRNA(核糖体RNA)是最多的一类RNA,占RNA量的82%左右。
在细胞中的量比较多!
S是沉降系数,当用超速离心测定一个粒子的沉淀速度时,此速度与粒子的大小直径成比例。
在原核生物中,rRNA有3类,5S(120bp)、16S(1540bp)和23S(2900bp)。
真核生物中,rRNA有4类,5S(120bp)、5.8S(160bp)、18S(1900bp)、和28S(4700bp)。
1540bp,长度适中!
再看看他的结构,
有9个保守区,9个可变区。
意味着,既能分清上面是狗、下面是猫(保守区),又能区分这个左上是哈士奇右上是中华田园犬(变异区)。
这3个特点,
让16S rRNA gene成为检测细菌的首选目标。
但由于RNA不稳定,很容易降解,
所以在检测多样性时,选择提取DNA,
检测编码rRNA gene的 rDNA!
毕竟两者携带的信息是一样的,
而我们想要的也只是ATCG这些神秘的信息。
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16s rRNA和16s rDNA是怎么个关系?
rRNA 是核糖体,16S是沉降系数,16S rRNA 是核糖体的一种。
16S rRNA基因是细菌上编码rRNA相对应的DNA序列。
在实验中,抽提的是DNA,检测的也是DNA。
在文章中,有的写16S rRNA基因,有的写16S rDNA,