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模拟石墨烯纳米带热导率NVE系综下体积一直在增大

作者 huangyeren
来源: 小木虫 700 14 举报帖子
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这是我的in文件,体积在nvt下还是稳定的,但nve下就一直在增大了,希望大神帮帮我。
units              metal
dimension             3
newton               on
boundary           s    p  s
atom_style         atomic
neighbor           0.3   nsq
neigh_modify       delay 5 check yes
read_data        graphite.lammps05

group             C type  1
group             N type  2

pair_style        hybrid/overlay  airebo 3.0 1 1 tersoff
pair_coeff       * *  tersoff   NC.tersoff    C  N
pair_coeff       * *   airebo  CH.airebo    C  NULL   

region           u  block INF INF 13.8 17.25 INF INF units box
region           t  block INF INF 89.7 93.15 INF INF units box

group            u region u
group            t region t

velocity         all create 300 10248678 mom yes rot yes dist gaussian units box

fix              NVT all nvt temp 300 300  0.05  drag   0.2

compute          ke  all  ke/atom
variable         temp   atom   c_ke/(1.5*8.617343e-5)



thermo_style     custom  step   temp  etotal  vol
thermo_modify    lost warn
thermo           100
timestep         0.0005
run              1000000

unfix            NVT
fix              nve  all  nve

#fix              temp_profile   all   ave/spatial 1  100000 100000 y lower 3.45  v_temp file  temp.profile  units box

compute       binchunk     all    chunk/atom   bin/1d  y  lower  3.45  units  box
fix           temp_profile   all  ave/chunk  1  100000  100000  binchunk  v_temp  file  temp.profile

fix             heat_swap  all    thermal/conductivity     10  y  60 swap 2
fix             e_exchange   all    ave/time   10   1000  10000   f_heat_swap    file   e_exchange.dat


dump             graphence all  xyz 1000 dump.xyz

run            2000000

dump            u  u custom  10 dump.usz id type vx vy vz
dump            t  t custom  10 dump.tsz id type vx vy vz
dump            N  N custom  10 dump.nsz id type vx vy vz
run             11000

模拟石墨烯纳米带热导率NVE系综下体积一直在增大
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  • 精华评论
  • 琳达的情人

    是不是原子有飞出去的

  • zx108s221

    引用回帖:
    10楼: Originally posted by huangyeren at 2017-12-14 22:50:07
    log文件中提示过WARNING:Proc sub-domain size<neighbor skin, could lead to lost atoms.但是我不知道该怎么修改in文件避免这个问题
    ...

    你这个应该是原子丢失了
    1.在你的data文件的结构下,你的边界条件可能有问题
    2.你可以尝试一下不要用并行跑,就用穿行先跑一下再试一试

  • zx108s221

    引用回帖:
    10楼: Originally posted by huangyeren at 2017-12-14 22:50:07
    log文件中提示过WARNING:Proc sub-domain size<neighbor skin, could lead to lost atoms.但是我不知道该怎么修改in文件避免这个问题
    ...

    你这个应该是原子丢失了
    1.在你data文件的结构下,边界条件设的有问题
    2.不要用并行跑,尝试用穿行看会不会出问题

  • huangyeren

    串行下没有提示了,谢谢!

  • 三岁薇恩

    你好 你的CN-tersoff势函数文件能给我来一份吗 我一直用BNC.tersoff

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