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如何找分子坐标?

作者 djcwc
来源: 小木虫 300 6 举报帖子
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比如我现在要算乙腈,但只能找到晶格参数,死活找不到乙腈中个个原子对应的笛卡尔坐标,举个例子,比如甲醇
C 6.1975556198 1.6853365858 22.8486666
H 6.4269886698 3.4388856668 24.6555556
O 6.4258666886 2.5368886669 22.7985555
还有三个氢原子的就不写了,但是我实在找不到乙腈的,求计算的大神教教我,abinitio入门,非常感谢
(crystallography open database 和 American mineralogist crystal structure database都没有找到我想要的)

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  • 精华评论
  • djcwc

    新人刚刚开始做,什么都不懂,劳烦大家说的清楚一些,希望大神们可以受我以渔,非常感谢

  • djcwc

    乙腈的已经找到,

  • djcwc

    现在要找一些蛋白质分子的

  • djcwc

    其实,我还想问,比如我已经有了一个水分子,怎么构建一个几十个水分子的体系?

  • souledge

    建模这个事情,还是交给Materials Studio最方便,尤其像水分子体系(液相)。
    至于分子坐标,不知LZ说的是分子内坐标,还是分子晶体坐标。前者可以简单的用Gaussian或者DMol3之类软件优化得到,后者需要查CSDS(剑桥结构数据库系统),

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