应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » Rosetta Enzyme design求助
【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
51/1返回列表
查看: 2202  |  回复: 4
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者weichen将赠送您 5 个金币

weichen

新虫 (小有名气)

[求助] Rosetta Enzyme design求助已有2人参与

Rosetta求助：
我运行CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease时，使用的例子是教程里面的D2N那个，出现了error，如下，能帮我看一下是什么原因吗？
D2N测试的例子没有生成pdb文件，如图一。我现在是换成了最新的2018版本，运行“De Novo Enzyme Design Using Rosetta3”的那个demo， 运行CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease时，产生了pdb文件，但是只有5.1k, 里面的内容也不一样，如下图2，请帮忙我看一下，不胜感激。希望有学习Rosetta的小伙伴共同学习。

Rosetta Enzyme design求助
1521655-20181105134157083-2094717415.png


Rosetta Enzyme design求助-1
1521655-20181105134300623-814586963.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼2018-11-22 20:22:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuhui9802

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想问一下在哪能查到FastDesign等命令的功能和参数设置？
赞一下 回复此楼
2楼2019-01-24 11:41:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weichen

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuhui9802 at 2019-01-24 11:41:11
想问一下在哪能查到FastDesign等命令的功能和参数设置？

建议使用Rosetta comments
https://www.rosettacommons.org/search/node/FastDesign
搜索一下
赞一下 回复此楼
3楼2019-02-20 14:46:27
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yanglin126

木虫 (小有名气)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-05-27 10:36:18
本帖内容被屏蔽
4楼2019-05-26 09:13:32
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到了这个问题，可能和新版的cst文件格式有关，在2011年的plos one里，atom_type 指定为原子类型，本例子中，CYS的S原子类型为SH1，改成这个match就可以运行。
赞一下 回复此楼
5楼2019-06-22 21:05:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 weichen 的主题更新
51/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫 SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 颜宁:基础研究应顶天立地,立地即从需求端作为问题的出发点,立项背景就是面向真实需求 +5 zju2000 2024-04-18 5/250 2024-04-20 21:21 by bear2007
[基金申请] 请问教育部人文社科难度大吗 +10 锦衣卫寒战 2024-04-15 15/750 2024-04-20 20:27 by 371122gyd
[考博] 博士申请 +3 zhangxm0525 2024-04-17 8/400 2024-04-20 20:10 by zhangxm0525
[考研] 想问一下有没有需要文章但是没时间带学生的研究生导师。 +11 lekinna 2024-04-19 26/1300 2024-04-20 19:01 by 安小樱
[考博] 山东大学化学与化工学院刘磊课题组博士研究生招生启事 +4 sdorganic 2024-04-17 6/300 2024-04-20 18:39 by 371122gyd
[考博] 25申博记录贴 +4 我属驴核动力驴 2024-04-18 5/250 2024-04-20 17:57 by 简风23
[基金申请] 估计今年青基又没戏 +11 忆念7 2024-04-18 11/550 2024-04-20 17:29 by mygod_nju
[基金申请] 特别资助审核状态 +8 pantray 2024-04-17 9/450 2024-04-20 16:34 by 无名之辈F
[论文投稿] 编辑返稿让改格式，这个时候能大修内容吗？ +3 双倍好运锦鲤 2024-04-17 4/200 2024-04-20 09:54 by wuyuanzhao
[基金申请] 申请省自然科学基金，研究区能否是省外区域 100+3 喜欢兔兔的我 2024-04-15 13/650 2024-04-19 21:49 by 喜欢兔兔的我
[有机交流] 紫外光谱 50+3 54胡 2024-04-17 3/150 2024-04-19 10:48 by Nanamiwww
[博后之家] 博后进站年龄可以超过35岁？ +8 suesong0818 2024-04-14 8/400 2024-04-18 08:38 by charles-c
[考研] 工学322，英语六级求调剂 +3 domax 2024-04-17 10/500 2024-04-17 21:25 by 东方花园小万
[有机交流] 怎么清洗烧瓶 20+5 ww34523 2024-04-16 6/300 2024-04-17 15:20 by 591950582
[考研] 332求调剂 +3 木叶下1999 2024-04-16 5/250 2024-04-17 00:56 by angeliar
[考研] 347求调剂 +3 寒辰ovo 2024-04-15 7/350 2024-04-16 19:05 by 寒辰ovo
[考研] 294求调剂 +3 694062003 2024-04-15 4/200 2024-04-16 15:01 by 邹邹哈哈
[考研] 广州大学光电信息工程专业调剂，招收物理学专业学生 +5 txhx4010 2024-04-14 7/350 2024-04-16 10:52 by domax
[论文投稿] with efitor 越久是不是越容易拒稿。我的已经一个多月了 +5 lizhengke06 2024-04-14 5/250 2024-04-15 18:33 by jonewore
[考研] 专硕调剂招生 +3 电致发光 2024-04-15 4/200 2024-04-15 07:34 by ashorewmj
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭