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计算机辅助药物设计已有1人参与
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近年来，计算机辅助药物设计已经取得一定成就，特别是在新冠肺炎爆发后，很多研究机构 和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中， 通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构，通过药物靶标预测、筛选出针对新型冠状病毒的 药物，通过一系列计算机辅助药物生物计算的方法发现一大类药物分子可以有效阻止新冠病毒的 侵染，为治疗新冠提供了新机理和新思路。应新老客户的培训需求，北京软研国际信息技术研究 院特举办“CADD 计算机辅助药物设计技术与实践”系列专题培训班，本次培训由互动派（北京） 教育科技有限公司具体承办，具体相关事宜通知如下： 系列课程（一）基础班：CADD专题线上培训班 内容详情 2022年01月08日-01月09日 在线直播（授课2天） 2022年01月15日-01月16日 在线直播（授课2天） 系列课程（二）进阶班：薛定谔专题线上培训班 内容详情 2022年01月22日-01月23日 在线直播（授课2天） 系列课程（三）进阶班：分子动力学专题线上培训班 内容详情 2021年12月24日-12月26日 在线直播（授课3天） 系列课程（四）进阶班：网络药理学专题线上培训班 内容详情 2022年01月15日-01月16日 在线直播（授课2天） 2022年01月22日-01月23日 在线直播（授课2天） 系列课程（五）进阶班：AIDD专题线上培训班 内容详情 2022年01月15日-01月16日 在线直播（授课2天） 2022年01月22日-01月23日 在线直播（授课2天） 系列课程（一）基础班：CADD专题线上培训课表 课程名称 课程内容 生物分子互作基础 1.生物分子互作用研究方法 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资源 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始设置 1.2 基本知识介绍（如氢键等） 2.Pymol 软件使用 2.1蛋白小分子相互作用图解 2.2 蛋白蛋白相互作用图解 2.3 蛋白及小分子表面图、静电势表示 2.4蛋白及小分子结构叠加及比对 2.5绘相互作用力 2.6 Pymol动画制作 3.实例讲解与练习： （1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图 （2）制作结合口袋表面图 （3）Bcr/Abl靶点的PDB结构叠合 （4）制作蛋白相互作用动画 （5）针对ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物，制作蛋白-蛋白相互作用图 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模； 2.1 同源蛋白的搜索（blast等方法） 2.2 蛋白序列比对 2.3 蛋白模板选择 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型评价（蛋白拉曼图） 2.6 蛋白模型优化 图二：最佳模型结果Spike: Model_03 3.实例讲解与练习：用2019-nCoV spike蛋白序列建模，根据相应参数和方法评价模型 小分子构建 1. ChemDraw软件介绍 1.1小分子结构构建 1.2 小分子理化性质（如分子量、clogP等）计算 2.实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子 小分子化合物库 1. 小分子数据库 1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等数据库介绍及使用 1.2 天然产物、中药成分数据库介绍及使用 1.分子对接基础 1.1分子对接原理及对接软件介绍 2. 分子对接软件（Autodock) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象进行对比 2.2.2 能量角度评价对接结果 2.2.3 聚类分析评价对接结果 2.2.4 最优结合构象的选择 2.2.5 已知活性化合物对接结果比较 图三：PDB 1IEP 3.实例讲解与练习：针对1IEP完成半柔性对接、柔性对接 2.3柔性对接 2.3.1 小分子配体优化准备 2.3.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.3.3 蛋白受体格点计算 2.3.4 柔性对接计算 2.3.5 柔性对接结果评价 2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择 3. 分子对接用于虚拟筛选（Autodock） 3.1 虚拟筛选定义、流程构建及演示 3.2 靶点蛋白选择 3.3化合物库获取 3.4虚拟筛选 3.5 结果分析（打分值、能量及相互作用分析） 3.实例讲解与练习：对1IEP晶体复合物完成虚拟筛选，并对结果进行分析 详情可参考：https://maiimg.com/mai/?e=an..fUI1mdUrk6 或加QQ：943888262 |
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