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568268771

木虫 (著名写手)

[交流] multiwfn画图已有1人参与

用multiwfn作单一分子的RDG—ρ图（如下图），最左侧怎么会出现spike啊？
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1楼2011-10-19 16:58:03
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sobereva

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gmy1990(金币+3): 2011-10-19 22:51:37
如果分子内部存在弱相互作用（比如内氢键、两条链之间的范德华作用），或者存在位阻效应（比如小环体系中间区域），就会在密度值较低的位置上出现spike，是很正常的。
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568268771
2楼2011-10-19 21:27:15
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568268771

木虫 (著名写手)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-19 21:27:15:
如果分子内部存在弱相互作用（比如内氢键、两条链之间的范德华作用），或者存在位阻效应（比如小环体系中间区域），就会在密度值较低的位置上出现spike，是很正常的。

非常感谢您，我懂了，可是我如果再算这个分子和另一个分子间的相互作用的话，这样就没法说清所计算的这两个分子之间的作用力了啊，这可怎么办是好啊？
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3楼2011-10-19 23:15:42
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sobereva

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zhou2009(金币+3): 2011-10-20 06:59:16
引用回帖:
3楼: Originally posted by 568268771 at 2011-10-19 23:15:42:
非常感谢您，我懂了，可是我如果再算这个分子和另一个分子间的相互作用的话，这样就没法说清所计算的这两个分子之间的作用力了啊，这可怎么办是好啊？

我想你要说的意思是分子间和分子内弱相互作用都出现在这一张图上，而难以区分哪个spike对应分子间的作用。解决的办法是看一下RDG等值面，确定分子间弱相互作用区域大致空间位置范围，然后将格点的空间范围设定在分子间弱相互作用区域并重新计算一遍格点数据，所得的图里就没有分子内弱相互作用的spike了。
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4楼2011-10-20 02:09:43
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引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2011-10-20 02:09:43:
我想你要说的意思是分子间和分子内弱相互作用都出现在这一张图上，而难以区分哪个spike对应分子间的作用。解决的办法是看一下RDG等值面，确定分子间弱相互作用区域大致空间位置范围，然后将格点的空间范围设定在 ...

上图是A分子的RDG vs. ρ(r)图，下图是A-B两分子的RDG vs. ρ(r)图，重新设定格点空间范围，spike好像无法分开啊，恳请指教！谢谢sobereva！

A分子



A-B两分子
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5楼2011-10-20 12:09:23
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sobereva

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zhou2009(金币+3): 2011-10-20 15:02:32
Multiwfn里显示等值面的图形界面中有个选项可以设定是否显示格点的空间范围，如果你将格点范围只设在了分子间相互作用区域，选了那个选项后在相应区域就会出现一个蓝框，散点图中的spike都对应于那个蓝框中的弱相互作用。如果没显示蓝框，或者蓝框区域过大而覆盖了分子内区域，说明spike也有分子内弱相互作用的。
不要光看散点图，要对照着RDG等值面图一起分析。
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6楼2011-10-20 14:23:18
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