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skyfire木虫 (正式写手)
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晶体学数据库简介，很多虫子不知道吧！
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国际上有几个著名的晶体学数据中心。这些数据中心的主要作用之一是收集、储存和提供已知化合物的晶体结构数据。因此，越来越多的科学杂志在发表论文前，把论文有关的晶体学参数、化合物分子式、晶胞参数、空间群、原子坐标及其原子位移参数、精修结果参数等，以电子版的形式存放到这些著名的国际晶体学数据中心。其中两个十分重要的数据库为：剑桥结构数据库（Cambridge Structural Database, 简称 CSD）和无机晶体结构数据库（The Inorganic Crystal Structure Database，简称ICSD）。 1. 剑桥结构数据库（CSD） 剑桥结构数据库位于剑桥晶体学数据中心（Cambridge Crystallographic Data Centre，简称CCDC），它只收集并提供具有C–H键的所有晶体结构，包括有机化合物、金属有机化合物、配位化合物的晶体结构数据。提供给CSD的晶体学数据必须以国际通用的CIF格式[1]，可以用电子邮件提供。CSD在收到每个晶体结构的CIF数据之后，在3个工作日内给每套数据规定一个储存编号（deposition number），即CCDC number。CSD接受晶体学信息文件的电子邮件地址为： deposit@ccdc.cam.ac.uk 剑桥晶体学数据中心的网址为： http://www.ccdc.cam.ac.uk CCDC可以为研究人员免费提供数据库中CIF格式的晶体结构数据。一般CCDC会在3个工作日内回复。索要晶体结构数据必须想提供以下内容： 1）化合物的储存编号，例如CCDC 146058, CCDC 182/1520。 2）发表该结构的论文出处（The full journal citation） 3）如果上述内容不十分清楚，进一步提供作者名字、化合物的名称、分子式、晶胞参数等。 更详细的情况可以在以下网址了解： http://www.ccdc.cam.ac.uk/conts/index.html#retr 如果CCDC查到有关数据，将以CIF的形式提供给申请人。有关索要晶体结构数据的申请用电子邮件，发至： data_request@ccdc.cam.ac.uk 2. 无机晶体结构数据库 无机晶体结构数据库（The Inorganic Crystal Structure Database，简称ICSD）由德国的The Gmelin Institute (Frankfurt)和FIZ（Fachinformationszentrum Karlsruhe）合办。它只收集并提供除了金属和合金以外、不含C–H键的所有无机化合物晶体结构信息。详细情况可以通过ICSD的网址了解： http://www.fiz-informationsdienste.de/en/DB/icsd/index.html [ Last edited by skyfire on 2007-8-18 at 22:29 ] |
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2楼2007-08-18 22:28:11
3楼2007-08-19 18:29:01
4楼2007-08-20 01:43:12
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6楼2007-11-17 01:36:59
yalefield
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7楼2007-11-17 03:19:43
yalefield
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氢-熵，衍射新进展？
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（1）氢 由于X射线“看不见”氢原子，所以，晶体（主要是有机部分）中的氢原子都是“摆”上去的。而中子衍射是可以看见氢的，所以呐，就有人整理了中子衍射得到的有机物氢原子位置数据。根据氢所处环境（周围的碳啊、氮啊、氧啊），可以更Rational地给出氢的坐标。 据说SHADE能干这件事：shade.ki.ku.dk 其实内部用的是PyCifRW这个程序。 管它呢，反正都是免费的。 （2）熵 德国应用化学刚发了一篇论文DOI:10.1002/anie.200702423 用“熵”来调晶体结构。其中，对氢的处理也借用了SHADE。 先交待这些吧。 其他历史问题，等革委会开群众大会之前再坦白。 |
8楼2007-11-17 03:34:00
wangsong0304
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9楼2007-11-17 11:00:10
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