通过blast细菌的16srDNA可不可以确定细菌的种属?
第一次做,请各位师哥师姐帮帮忙,现在遇到这样几个问题
序列比对的时候数据库是不是要选择16srRNA序列数据库?还是用Nucleotide collection数据库?
比对结果相似度基本上都能达到97%,E值为0,覆盖率在90%左右,总分也都比较高,但是前几种都不是一种菌,这种情况怎么办呀?
如果想要确定它的种属是不是还需要其他的方法?
新手一个,完全不知道怎么应对了,附上比对结果,两张图片都是第一页的,求详解。
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16S可以鉴定到属,要鉴定到种有点难,还要其他实验结果,例如DNA-DNA杂交等
测序鉴定“种”
确定不了种属,到属还可以的,如果确定种需要作功能基因,生理生化和形态学等试验。详情可以咨询宝杰罗生物公司。
楼主最近也做芽孢杆菌吗?关于哪方面的?
抗重金属微生物的筛选及机理研究
楼主的这个问题也是我的问题,大佬求解。16SrDNA序列比对的时候数据库是不是要选择16srRNA序列数据库?还是用Nucleotide collection数据库
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只能到属,不过你这比对下来感觉不太对啊,确定测序结果没有双峰,如果没有,那就应该是新菌了