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通过blast细菌的16srDNA可不可以确定细菌的种属?

作者 jingjing朱
来源: 小木虫 800 16 举报帖子
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第一次做,请各位师哥师姐帮帮忙,现在遇到这样几个问题
序列比对的时候数据库是不是要选择16srRNA序列数据库?还是用Nucleotide collection数据库?
比对结果相似度基本上都能达到97%,E值为0,覆盖率在90%左右,总分也都比较高,但是前几种都不是一种菌,这种情况怎么办呀?
如果想要确定它的种属是不是还需要其他的方法?
新手一个,完全不知道怎么应对了,附上比对结果,两张图片都是第一页的,求详解。

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  • 精华评论
  • zct2008

    16S可以鉴定到属,要鉴定到种有点难,还要其他实验结果,例如DNA-DNA杂交等

  • 二十一业

    测序鉴定“种”

  • 宝杰罗生物

    确定不了种属,到属还可以的,如果确定种需要作功能基因,生理生化和形态学等试验。详情可以咨询宝杰罗生物公司。

  • 赵炎

    楼主最近也做芽孢杆菌吗?关于哪方面的?

  • jingjing朱

    抗重金属微生物的筛选及机理研究

  • 司门玄武

    引用回帖:
    2楼: Originally posted by lgn07521 at 2017-06-14 21:19:34
    具体的菌要具体分析,Blast确定属可以,但是确定菌就不一定行了,举个例子:比如苏云金芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌,亲缘鉴定有的能达到100%,但是它们是不同的种,所以有些菌还是要看生理生化鉴定的

    楼主的这个问题也是我的问题,大佬求解。16SrDNA序列比对的时候数据库是不是要选择16srRNA序列数据库?还是用Nucleotide collection数据库

  • 憬翚

    只能到属,不过你这比对下来感觉不太对啊,确定测序结果没有双峰,如果没有,那就应该是新菌了

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