高分子模板剂诱导晶体生长的模拟
目前有实验数据证明高分子模板剂可以诱导晶体按照一个方向生长，现在想要用MS来模拟一下这个过程，请问模拟过程要怎样设计一下？或者有相关文献推荐也非常感谢。还请前辈指导。
PS：目前金币较少，我马上跟别人借点金币过来补充。
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京公网安备 11010802022153号
谢谢您的指导！
目前我做模拟计算的过程是：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、最后能量计算。
是不是要改成：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，将整个结构在Forcite中进行结构优化；5、将整个结构进行动力学计算；6、最后能量计算。
修改后的计算过程我有2个问题：1、将整个结构进行结构优化的过程并没有加入温度场，这样是否能满足温度涨落导致的形变能的计算。在目前的计算过程中，动力学计算过程未固定高分子，且计算过程中有温度参与，是否已经包括温度造成的分子形变能；2、动力学计算之前将整个体系进行结构优化，当不同晶面吸附同一高分子时，由于晶面结构不同，结构优化后的高分子在不同晶面上的结构一定不同，这样的两个体系算出的吸附能是否有可比性。就是说，进行动力学计算的高分子组成不变但构型不同，这样得到的吸附能能不能算同高分子对晶体不同晶面的吸附能？
问题比较多，期待您的再次耐心指导，谢谢
，
原则是这样，用带温度的分子动力学模拟让高分子链找到大致的全局最构型，在后优再化一下就得到了全局最优结构的精确能量。所以你只要把你之前得到的构型再优化下即可。到要保证之前动力学足够久，高分子得到了充分驰预，找到了自己最好的大致吸附构型。所以动力学模拟阶段温度不宜太高，五六百k即可。
体系中温度的影响不应该是你这样加入的。有条件用其他软件做一下频率分析，得到真正的自由能才对。
谢谢您的回复！
您是说我的模拟计算过程要变成如下这样吗?1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行结构优化；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。
还有两个小问题：1、动力学过程多少步算足够久？500步是个怎样的水平？2、Forcite中的Dynamics与Discover中的Dynamics是一样的不？如果一样我就直接全用Forcite进行计算了，不用这么麻烦了。
期待您的指导
1. 动力学500步太少，要在你的计算能力接受的最大值，起码数千到1万步。2. 我没有Discover模块，我也不太清楚两个模块的区别。如果都是用同样力场的MD，应更区别不太大的。
刚刚看到一个模拟阻聚剂的文章，他是把作为阻聚剂的高分子进行动力学（有温度设置）模拟后，取出最后一帧，再用分子力学方法进行能量优化，最后用这样的高分子去进行吸附动力学计算，这样是不是更合理？
你看我的模拟过程变成这样是不是更好：1、晶体切面，在Discover中加力场；2、固定下层原子，在Discover中进行Minimizer，构建超胞并加真空层；3、构建高分子，在Forcite中进行动力学计算后，取最后一帧进行结构优化得到能量最低构象；4、将高分子放在晶体表面，固定晶体所有原子，进行动力学计算；5、将进行动力学计算后的体系再在Forcite中进行结构优化；6、最后能量计算。
这样做应该可以了。
好的