如图中文字所述,要找到AC 分子的偶极矢量夹角与质心坐标的关系,有两个问题: 1.在MS中怎么样才能找到分子的偶极矢量方向? 2.如何可以找到质心,因为分子比较多,一个一个的找很繁琐,想问下有木有简单的方法可以全部找出来? 返回小木虫查看更多
具体来说就是我帮你优化了丙酮,发现它的羰基碳原子就是质心,那我觉得可以这样,偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的,所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑,但是默认质心不变,这样只需要对有变化的构象求cos角就够了
以上两图是我算的偶极距分量方向和质心,可以参考下
就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上,而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上,如果你正好需要这个分量的偶极距,那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行
具体来说就是我帮你优化了丙酮,发现它的羰基碳原子就是质心,那我觉得可以这样,偶极距的其中一个分量正好是处在羰基键伸缩方向的,所以对于轨迹生成的系列构象的坐标写脚本或者导入excel用公式编辑,但是默认质心不变,这样只需要对有变化的构象求cos角就够了
以上两图是我算的偶极距分量方向和质心,可以参考下
美女姐姐,我可不可以这样理解:找到轨迹中丙酮分子的质心,然后各个分子的偶极矩方向是和相应分子的质心(坐标)有关的,这样也就知道了偶极矩的方向,再然后就可以得到各个偶极矩与Z轴的夹角了θ 了。(前提是需要把轨迹文件坐标转换出来)。这样应该是对的吧
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就是默认丙酮分子的质心始终在羰基碳上,而其中一个偶极距的方向经过羰基的两个原子确定的直线上,如果你正好需要这个分量的偶极距,那就直接提取轨迹中的这两个原子的坐标处理就行