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weichen

新虫 (小有名气)

[求助] Rosetta Enzyme design求助已有2人参与

Rosetta求助:
我运行CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease时,使用的例子是教程里面的D2N那个,出现了error,如下,能帮我看一下是什么原因吗?
D2N测试的例子没有生成pdb文件,如图一。我现在是换成了最新的2018版本,运行“De Novo Enzyme Design Using Rosetta3”的那个demo, 运行CstfileToTheozymePDB.linuxgccrelease时,产生了pdb文件,但是只有5.1k, 里面的内容也不一样,如下图2,请帮忙我看一下,不胜感激。希望有学习Rosetta的小伙伴共同学习。

Rosetta Enzyme design求助
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Rosetta Enzyme design求助-1
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liuhui9802

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

想问一下在哪能查到FastDesign等命令的功能和参数设置?
2楼2019-01-24 11:41:11
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weichen

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuhui9802 at 2019-01-24 11:41:11
想问一下在哪能查到FastDesign等命令的功能和参数设置?

建议使用Rosetta comments
https://www.rosettacommons.org/search/node/FastDesign
搜索一下
3楼2019-02-20 14:46:27
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yanglin126

木虫 (小有名气)

emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-05-27 10:36:18
本帖内容被屏蔽

4楼2019-05-26 09:13:32
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panda_wendao

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到了这个问题,可能和新版的cst文件格式有关,在2011年的plos one里,atom_type 指定为原子类型,本例子中,CYS的S原子类型为SH1,改成这个match就可以运行。
5楼2019-06-22 21:05:54
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