小木虫

sybyl，薛定谔，moe都用过，但是感觉还是有很多地方不太懂，有没有大神，或者爱好者，我们一起研究，共同进步，私信吧

一、微观、介观模拟概述和模型搭建（1）分子模拟介绍及其在高分子材料中的应用实例讲解；（2）高分子及碳材料（碳纳米管、石墨烯等）增强高分子材料模型搭建方法及技巧；a.高分子无定型模型的搭建方法；b.高分子共混物复杂模型的搭建方法；c.碳材料（碳纳米管、石墨烯等）...

用sorption里巨正则蒙脱卡诺方法模拟是怎么确定平衡步数和生产步数?

通过ms中gulp模块计算得到了声子色散结果数据，但是数据量太大，怎么能够通过别的软件去画图，求大神指导

我想利用MS构建一个MOF结构，实验上做的配体是对苯二甲酸，金属是铁，该如何构建周期性结构。

最近使用lammps做石墨烯之字形方向的拉伸模拟，按照网上各种资源设计了自己的in文件，一直出现拉不断的情况，边界原子键角已经很平了，可是就是不断裂。应力已经到了170gpa,应变到了0.3还没断。我看很多文献之字形的理论抗拉强度是120,GPA，130GPA...

求助安装包parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz

我使用遗传算法其他全是默认值（run10次吧）来进行分子对接，用的电脑是4000块的笔记本电脑要跑多少时间呢？因为我已经跑了大概8个小时了。

特定一直材料的晶格常数应该是确定的，在哪里可以找呀，晶体点阵类型应该也是确定的叭？

目前有人教我用msi2lmp建立data文件但是这样子虽然能够得到键，角和二面角的信息然而相关力场参数全都是0最为关键的力场参数怎么设定呢？求高手指教，先谢过了

基于TF抑制剂，课题组做了24个生物碱类，12个黄酮，10皂苷，这些化合物可用于构建3D—QSARpharmacophone么？

想建立一个HCP结构的模型，但是代码不太会写。哪位虫友，可以共享一小段构建HCP结构的代码吗？不胜感激！

做缓蚀剂吸附，实验数据拟合得到langmuir吸附曲线，得到缓蚀剂的吉布斯自由吸附能。这个能量和用ms分子动力学模拟出来的吸附能有什么区别吗？都叫吸附能

我想请教一下lammps建模时如何设定原子数目(例如c原子180个)，有二层石墨，锂离子每隔10ps进入一个，共17个。有没有大佬能够帮助下萌新。。。

我采用materialstudio构建环氧树脂和碳纳米管的混合模型，在做结构优化时，碳纳米管似乎只能使用compass力场，但是lammps自带的msi2转换data文件时，不支持这个力常而使用atomsk转换的话，我得到的只有原子坐标，没有键角信息，所以想请...

请问一下大家，我用forctieanalysis模块中的potentialenergycomponents分析是不是得到的最小能量。我个人认为最小能量是总能量，但是和势能有什么关系。。。感觉有点迷

请教各位，蛋白改造小白一个，最近想做蛋白的热稳定性改造，不知道哪个软件好上手一些，且认可度较高的？谢谢

我自己有画，但是感觉非常不标准的那种，哪位大神教我一下（图片不知道为啥发不上来）放在评论里面

请问下Sorption模块里，分子见作用力截断半径设置不超过最小晶胞线长的一半，这个晶胞指的是所有晶胞类型吗？还是只指正方体或长方体这种三个角都是90度的

本人最近想做吸附相关的，就是用吸附剂在溶剂里吸附离子之类的，可本人从未接触过相关内容，也不是化学材料专业的，自学了一个月的分子模拟理论和MS的基本操作，但是仍然感觉没有入门，想请区内大神提出指导意见，最好可以私下交流，谢谢！

请教一下我用MS中forcite模块做分子动力学模拟NVT和NPT的仿真时间都设置多少？NVT我设置的1000ps，NPT我设置2000ps