小木虫

最近在学这个有没有大神可以指导一下怎么学，用了Swiss-model建模没有配体，sybly建模氨基酸序列也不知道为啥导入不了，小白，资料啥啥也找不到，也不太懂原理，看了些视频讲的也不是很详细，跪求帮助

NCBI搜的蛋白质pdb模板，Swiss-model自动建模，这两个都没有配体，还能进行分子对接吗？要要对接的话要对模型做什么修改呢

我知道LAMMPS可以输出整个系统的范德华力和库仑力作用，可是要怎么能单独输出某个组的库仑力或者范德华力作用呢？望有大神能指点迷津，非常感谢！

如题目可以的话到账奖励

RT，DS2016，win10系统，点了prepareprotein，databasebuild的run，然后就一直无限running了，十几个小时了，不知道出了什么问题，有大神知道怎么解决吗

DiscoveryStudio3.5安装包求助

我之前下了Autodock4.2，没有设置过环境变量什么的，用MGLTools直接就打开使用了，现在又需要用AutodockVina，也下载安装过了，求问怎么用MGTTools打开，要设置环境变量吗？该怎么设置嘞，电脑上可以同时存在Autodock与Vina吗...

请问分子对接前处理金属蛋白酶，必须提前做氨基酸质子化那些么？我是用AutodockTool处理蛋白，目前只做了加氢，计算电荷等不走，不知道还需要做哪些步骤进行优化更好？还有一个问题就是关于金属电荷，autodocktool识别不了金属离子，然后我是在pdbqt...

任何模块的任何问题只要有相关参考文献就可以

各位大神，在用Sorption模块时，怎么设置吸附剂模型的L-J势能参数。我的吸附剂模型是从CCDC中导入的MOF模型。文献中没有设置的具体步骤请各位大神指点一下。谢谢

构建了一个无定形模型，有KGM、CaCl2、H2O，要分析kgm和氯化钙的氢键作用，但是水分子太多了，要隐藏水分子，怎么隐藏？有哪位大佬会的。我用的是8.0版本的软件。有没有中文教程什么的

请问各位老师，ATB网站生成的小分子拓扑文件，怎么和pdb2gmx生成的蛋白拓扑合并成复合物的拓扑文件（用的是gromos54a7力场），希望能详细一点（分布列举）小弟纯小白一个，祈盼各位老师不吝赐教

计算机小白给自己挖了一个分子模拟的大坑，有没有前辈们用过或做过相关课题的一起来讨论交流进步呀！

各位老师，请教一下个人能否购买或者申请超算中心的计算机机时？最近在家没事，想做点计算的工作，不知道怎么操作，恳请各位老师指教！

疫情在家重新买了个小电脑，配置不太好，发现打开MS的建模后，鼠标点击旋转可以，点击CTRL键上下左右键shift键就会卡死，选中文本进行更改也会卡死，只能从任务管理器中关闭软件重新打开，有没有什么办法让我先用这台电脑凑合着，要交作业啊急死了，跪求大佬们支个招救...

使用Autodockvina做完对接后，导入pymol软件查看配体与蛋白的氢键作用，按照教程说的find-polarcontacts-tootheratomsinobjects,却没有显示除氢键。但是直接导入原配体蛋白又可以显示氢键关系，请问有人知道如何处理该...

各位大神，请问下Sorption模块里的逸度与压力是怎么转化的?谢谢了

求助！！有空闲超算服务器的大佬们，本科毕业设计分子动力学模拟模型计算，实在是跑不完了，可有偿！

研一新手一枚，对Ms的认识只停留在06版华南师范大学培训教材上面，只是照着上面做了一遍。导师让我找相关的文献，重复人家的数据，我看了一下文献一头雾水，毕竟是文献，不如培训教材上面那么详细，求大佬们帮我解决这问题

我看到基本都说是盒子大小，可是我对整个系统加热之后发现volume会变小，请问这是什么原因？

请问CNT拉伸时应力是怎么算出来的，LAMMPS中PZZ好像和体积有关，但CNT存在大量真空区域用PZZ算出来的值偏校请问应该用什么方法计算CNT的轴向应力呢？

各位大神请教一个问题用lammps模拟计算3C-SiC热导率,时间步长1fs在1000K下，先在NVT下模拟10万步，使系统达到平衡然后换上NVE系综后在运行125万步。但是当换上NVE系综不久后，温度就开始升高，到结束时温度都达到几千甚至上万K，这么高温度碳...