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[交流]
如何使用CBS-QB3寻找过渡态
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| 已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。 |
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送红花一朵|
前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。 input文件 %chk=RE-W12IRCmax.chk SCF=(MaxCycle=100,xqc) #p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm RE-W8-W8 TS Search 0 1 O H 1 0.96474388 H 1 2.52324319 2 96.16865489 C 1 1.37453100 2 110.36391138 3 -68.07987935 0 O 4 1.18920427 1 124.02515701 2 -96.13403058 0 S 4 1.79329724 1 114.57558758 5 -177.11988964 0 1 2 1.0 4 1.0 2 3 6 1.0 4 5 2.0 6 1.0 5 6 output 文件 %NProcShared=12 Will use up to 12 processors via shared memory. %LindaWorker=ys0716,yg0926,ys1047,ys1147,ys1438,ys0428,ys1521,ys1112, %chk=RE-W12IRCmax.chk SetLPE: input flags="" SetLPE: new flags=" -nodelist 'ys0716 yg0926 ys1047 ys1147 ys1438 ys0428 ys1521 ys1112'" Will use up to 8 processors via Linda. --------------------------------------------------- #p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm --------------------------------------------------- You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC. Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe at Thu May 23 01:19:37 2019. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.5 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 以前在超算上面计算IRC时候，我都是直接从过渡态结构直接进行计算，没有用过chk文件。 |
25楼2019-05-23 01:28:35
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流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
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这个没法一步完成。 一般来说IRCMax写法如下： IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。 但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。 高斯说明书的原话也是这样说的 ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2. CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算 第一步 先用 方法1 算IRC ， 第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 （如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤 ，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。 CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤 1. #p B3LYP/CBSB7 Freq 2. #p CCSD(T)/6-31+G(d') 3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4 4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop) 你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。 http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/ 这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。 然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。 |
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7楼2019-05-15 14:27:13
13楼2019-05-16 11:42:51
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rocisky73楼
2019-05-15 12:08
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